Né le 25 mars 1593 à Condé-sur-Vire en Normandie, Brébeuf était un des premiers pères jésuites à venir en Nouvelle-France. Il arriva à Québec en juin 1625 et alla vivre auprès des Montagnais et plus tard des Hurons. Il décrivit de façon admirable dans son journal le mode de vie et les mœurs de ces premiers peuples. Ces notes qui furent par la suite reproduites dans les Relations des Jésuites sont aujourd'hui précieuses pour nous aider à comprendre la vie des Hurons avant les guerres et les épidémies qui décimèrent leurs populations. Il traduisit un catéchisme et plusieurs prières dans la langue des Hurons et entreprit même la rédaction d'un dictionnaire et d'une grammaire.

Brébeuf établit plusieurs missions en Huronie dont celle de Ihonatiria (Saint-Joseph). Peu après l'arrivée des Européens, les Hurons furent ravagés par plusieurs vagues d'épidémies (variole, grippe et dysenterie), ce qui rendit le travail de conversion de Brébeuf difficile et peu efficace. Lors d'une émeute en 1640, Brébeuf et les autres Jésuites furent sauvagement battus et la chapelle fut détruite. Mais c'est en 1642 que les vrais problèmes commencent. Soutenus par les Anglais dans leur entreprise, les Iroquois mirent en branle une vaste offensive contre leurs anciens ennemis les Hurons et leurs alliés français. Ils bloquèrent les routes commerciales et multiplièrent les pillages et les massacres sanglants. En 1647, la crainte des Iroquois était devenue telle que les Hurons refusaient d'entreprendre des voyages vers Québec.

Le 4 juillet 1648, alors que les guerriers hurons étaient partis pour échanger avec des voisins, les Iroquois attaquèrent les missions de Saint-Joseph et Saint-Michel en Huronie. Plusieurs habitants furent massacrés dont le père Antoine Daniel qui fut criblé de flèches. Les Iroquois prirent 700 prisonniers. Le 16 mars 1649, plus de 1000 Iroquois attaquèrent les missions de Saint-Ignace et de Saint-Louis où se trouvaient alors les pères Brébeuf et Lalemant. Les deux hommes furent faits prisonniers et amenés dans un village dans l'actuelle région de Midland, en Ontario.

Le père Jean de Brébeuf subit alors une des plus horribles et atroces tortures des annales de la chrétienté. Ces tortures furent rapportées par le donné Christophe Regnault qui put observer le cadavre. Le corps avait été sauvagement battu et avait reçu au moins 200 coups de bâtons. On avait arraché la chair des bras et des jambes de Brébeuf jusqu'aux os et on l'avait aspergé d'eau bouillante pour ridiculiser le sacre du baptême. Les Iroquois avaient également placé un collier de haches incandescentes autour de son cou et de son ventre et lui avaient arraché les lèvres parce qu'il ne cessait de parler de Dieu alors qu'ils le torturaient. Finalement, il fut scalpé et on lui arracha le cœur de la poitrine, probablement pour le dévorer (les Iroquois croyaient ainsi absorber les qualités de leurs ennemis).

La nation huronne toute entière fut bientôt décimée. Quelques survivants se réfugièrent chez des nations alliées du nord ou encore allèrent chercher refuge près de Québec où leurs descendants vivent toujours. Brébeuf fut proclamé Saint Patron du Canada en 1940.