Appelée à l'origine "Sacrée Congrégation de l'Inquisition romaine et universelle", la Congrégation pour la Doctrine de la Foi fut fondée par Paul III avec la Constitution Licet ab initio du 21 juillet 1542, pour défendre l'Église des hérésies. C'est la plus ancienne des neuf Congrégations de la Curie romaine. L'unique organisme qui lui soit antérieur est la Secrétairie d'État, fondée par Innocent VIII en 1487, sous le nom de "Secrétairie apostolique".

Le titre du Dicastère fut changé en "Sacrée Congrégation du Saint-Office", par la Constitution Sapienti consilio du Pape Pie X, le 29 juin 1908. Enfin, Paul VI en a redéfini les compétences et lui a donné le nom actuel, à la veille de la conclusion du Concile Vatican II, par le Motu proprio Integrae servandae, du 7 décembre 1967. Aujourd'hui, selon l'article 48 de la Constitution apostolique sur la Curie romaine Pastor bonus, promulguée par le Saint-Père en 1988, "la tâche propre de la Congrégation pour la Doctrine de la Foi est de promouvoir et de protéger la doctrine et les mœurs conformes à la foi dans tout le monde catholique: tout ce qui, de quelque manière, concerne ce domaine relève donc de sa compétence".

La Congrégation est constituée, pour le moment, de 20 membres — cardinaux, archevêques et évêques, provenant de 14 nations diverses—. Elle est actuellement présidée par le cardinal allemand Joseph Ratzinger. Elle a pour Secrétaire l'archevêque italien Tarcisio Bertone, S.D.B., et pour Sous-secrétaire, le Père Gianfranco Girotti, O.F.M. Conv. De plus, 38 autres personnes, "Ufficiali", "Scrittori", "Ordinanze", lui prêtent un service stable. Le Dicastère comporte trois sections qui correspondent à ses différents secteurs de compétence: doctrinale, disciplinaire et matrimoniale. Cette dernière s'occupe de tout ce qui concerne le "privilegium fidei".

La Congrégation est assistée d'un collège de 29 consulteurs, professeurs des Universités pontificales romaines, experts dans les diverses disciplines ecclésiastiques et originaires de différents pays.

Pour exercer son devoir de promouvoir la doctrine catholique et de favoriser "les études destinées à faire croître l'intelligence de la foi, pour qu'à la lumière de la foi, l'on puisse donner réponse aux nouveaux problèmes nés du progrès des sciences et de la civilisation" (Pastor bonus, art. 49), la Congrégation veille à "l'organisation de symposiums ou rencontres scientifiques sur les problèmes de qui concernent la doctrine" (Règlement propre, art.76), et promeut des initiatives "en faveur de la diffusion de la saine doctrine et de la défense de ces points de la Tradition chrétienne et du magistère qui sont mis en péril par des doctrines neuves et inacceptables" (Attività della Santa Sede 1996, Cité du Vatican 1997, p. 669).

Quand, tous les cinq ans, les évêques viennent à Rome à l'occasion de la visite "ad limina Apostolorum", ils sont reçus à la Congrégation pour la Doctrine de la Foi "pour un échange mutuel d'informations et pour un approfondissement des problèmes relatifs à la situation doctrinale des pays respectifs ainsi que pour la recherche commune de solution des principales questions doctrinales locales" (ibid., p. 671).

Le Cardinal-préfet, en raison de sa charge, est aussi président de la Commission biblique pontificale et de la Commission théologique internationale, qui ont leur siège et secrétariats respectif à l'intérieur du Dicastère. L'activité des deux Commissions est donc intimement liée à celle de la Congrégation avec laquelle elles collaborent régulièrement. Dans le Dicastère se trouve aussi le siège de la Commission interdicastérielle chargée de la rédaction et de la publication du Catéchisme de l’Église catholique, constituée par le Saint-Père en février 1993, sous la présidence du cardinal Ratzinger, jusqu'en avril 2005, année où il a été élu pape sous le nom de Benoît XVI.

Depuis quelques années, en collaboration avec la maison d'édition Libreria Editrice Vaticana, le Dicastère publie, dans la collection "Documents et Études", ses propres documents, accompagnés des articles de commentaire parus dans "L'Osservatore Romano".